Растительный мир парка необычайно богат: 600 видов растений и 70 разновидностей деревьев и кустарников, более 50 из которых обладают уникальными лечебными свойствами. Большая часть территории представлена кустарником можжевельника и тянь-шаньской елью. Тут можно увидеть березу, тополь, иву, сосну, лиственницу. Кустарники составляют порядка 180 га от общей площади заповедника.